醞釀
繼十九世紀在基督教界興起之宣教運動後，聖潔運動如春天之步伐，以穩健、堅定之步調，在美國教會醞釀一股潮流，而遠東宣教會之創立，加速了亞洲教會之覺醒與聖潔運動之推動。主後一九○一年二月，上帝興起了美國高滿牧師與日本中田重治牧師，他們在日本東京提攜合作，在同一異象和負擔之下開始工作，他們對於福音工作乃強調「四重福音」而不遺餘力。
一九○五年正式組織了「遠東宣教會」，以東京為據點，向亞洲地區開展了聖潔運動，這運動之宗旨與方向得到普遍的認識與肯定，一九○七年在韓國、中國大陸。稍後一九二六年在台灣，這運動如火如荼地四處烽起，直到現在不再挶限於亞洲地區，遠東宣教會亦於一九七三年八月八日擴大組織及工作範圍，改稱為「國際宣教會」，其組織也日漸龐大堅固，呈現一片欣欣向榮之蒙福現象。
成立-遠東宣教會成立的經過
遠東宣教會最初是由一群熱心於傳福音事工的東西方基督徒，在日本組織的宣教團體。後來在美國成立總會事務所（總部新址在印第安那州綠木市）。一九○一年高滿夫婦和中田重治牧師在東京成立了「中央福音傳道館」，東京中央福音傳道館成立時，他們的志向是只有佈道而不開設教會。但後來的宗旨，只在沒有教會的地方開設傳道館。
然而對於急遽增加的教會所需之傳道人員，產生供需失調之現象，因之附設開辦「聖經研究班」訓練傳道人員，一九○四年擴展為「東京聖經學院」，而在當然開課之初，只有四名學生，但三個月後增加至十名，名解經家米田豐牧師乃初期學生之一。
當時除了開設傳道館之外，也進行電信、監獄、工業及麻瘋病患的傳道工作。除了日本的事工，他們又根據原初的異象把宣教拓展到韓國（一九○七年）、巴西（一九二五年）、中國大陸（一九二五年）和台灣（一九二六年）。
創立-台灣聖潔教會的創立
一九二六年元月在日本東京聖經學院內，日本聖潔教會全國教會舉行每年一次的「新年盛會」，會中中田監督強調台灣傳道的時期成熟，並當場呼籲工人前往台灣開拓工作。當時東京聖經學院在學中的安部藤夫牧師接受呼召，決志到台灣工作負起艱難的使命，安部牧師雖然剛入學二個多月，然心中愛靈魂的熱切決然勇往直前，安部牧師就讀東京聖經學院之前，已在救世軍工作一段時間。
同年一月十一日中田重治監督和安部籐夫福音使，從東京出發到神戶，搭乘九千噸的「吉野丸」輪船於十五日啟程，十八日到達台灣基隆港，當時在岸上迎接他們的有井上伊之助、龜山、陳芳本、陳溪圳四人。他們先作全島（西部）巡迴佈道，大部份聚會是在長老教會禮拜堂舉行。一月三十日晚上他們在台北市借用「台灣日日新聞社」樓上舉行台灣第一間聖潔教會的發會式（開幕典禮），參加此次盛會者有數十人，其中有須田清基、陳芳本、陳溪圳等。開幕典禮的開會由三宅牧師致詞，中田監督在會中證道。次日一九二六年一月三十一日主日崇拜假御成町一丁目十番地（中山北部一段），租用店舖二樓舉行，參加聚會有二十多人，安部籐夫福音使受差派為第一任駐堂牧師。台灣聖潔教會於焉發足。
關閉-春天的霹雷－教會被關閉
一九四一年十二月八日，日本帝國主義者，忽然以迅雷不及掩耳的手段，攻襲美國真珠港，挑起了歷時四載的太平洋戰爭，初期戰事順利，日本政府陶醉於征霸世界的美夢，但面對被激憤而睡醒的少壯獅子威猛的反擊，加上從一九三七年在中國大陸之纏戰，日漸不支，疲態畢露。
日本政府先是以成立了「大政翼贊會」，統合了各政黨，處心積慮為貫徹其帝國主義政策而不遺餘力，無所不用其極，繼而於一九四一年六月，強迫日本各教會團體，服從政府方針，簽訂「合同宣言」，成立了「日本基督教團」，伸展控制教會之手段，日本聖教會被編列在第六部，日本教會被編列在第九部，就此可窺見日本政府控制教會之陰謀。
不久戰事逆轉，日本皇軍節節敗退，誠如：「上帝要毀滅一個人，先使其瘋狂」，義、德，兩國相繼被擊潰，日本猶作困獸之鬥，為加緊對國內之控制，一九四二年六月二十六日以違反「治安維持法」為由，逮捕監禁日本聖教會車田、米田、小原以下三十多名傳教者，更以日本聖教會：
（一）反對戰爭，指責日本政府未經宣戰，對真珠港發動偷襲。
（二）唆使信徒拒拜神社（曾任台北聖教會牧師之板倉敏夫與馬偕博士之女，曾就此事同向台灣總督府提出抗議，但未被採納）。
（三）否定日本天皇之神格化，天皇亦人，既為人，應有原罪，如不悔改必須受上帝的審判與刑罰。
（四）基督要再臨建立千禧年王國，治理全世界，日本也必須接受其治理審判。
（五）信徒有從事通敵間諜之嫌疑。
（六）信徒過份關心猶太人，別有企圖（因軸心且同盟之德國有極端之反猶主義）等莫須有罪名加諸日本聖教會，並於一九四三年四月八日下令關閉教會，禁止一切傳教活動。
據高進元牧師所著「台南聖教會開拓史」中有一段論及此事：「一九四三年四月十一日禮拜日，由於大部份會友還不知道教會曾於四月八日奉令關閉，仍然前來聚會，當我宣佈這個消息以後恍若晴天霹雷，大家禁不住痛哭流淚，會堂內滿地都是悲憤的淚水，眾信徒惶惶不知所從，散會後仍遲遲不願離去．．．．．．」。日警逼著教會交出信徒名冊、檔案，高牧師威武不屈，堅拒日警之無理要求，義正詞嚴，表示願一人承擔一切責任，後來教會被政府徵用為「雜貨配銷所」，在西港牧會之王錦源牧師亦深受日警之困擾，教會遭遇關閉之厄運，藏書概被沒收（幸虧王牧師於光復後任北門區署民政課長之職，找回一部份），許洲木牧師剛從日本返台任大稻埕聖教會傳道，協助林天生先生之牧會工作，日警搜查教會時，首當其衝，其全部書籍被沒收。新竹之劉建珍先生、鄭琇鳳女士也屢被傳訊，遭逼恐嚇脅迫。
重建-台灣聖教會重建及成立過程
一九四五年八月十五日，日本政府結束了對台灣五十年之久的統治，台灣從帝國主義的桎梏下得到釋放，這不但意味著政治方面獲得較大的自由、民主的空間，在宗教信仰方面也得到了自由伸展的機會。因此台灣的基督教會突破了一些禁忌與限制，向廣闊的天空展開翅膀，擴展上帝帳幕之地，張大了神聖居所的幔子，放長了福音宣教的繩子，越過高山峻嶺，遍及僻壤海角，神的話無所不及，主的道所不遍，自一九二六年創立的「台灣聖潔教會」也成為歷史名詞，取而代起的是：「基督教台灣聖教會」。
「台灣聖潔教會」行政的核心仍屬日籍傳道人員，會友多數也屬僑居台灣的日本人，直至一九四三年日本政府下令關閉「台灣聖潔教會」所屬各會所。是時已有十六間教會，十八名傳道人員，信徒家族數一七四七人，而其中純屬台灣人聚會的教會祇有：西港、佳里、台南及新竹、台北、大稻埕、苑裡等教會，但這些教會也遭遇了日本政府下令關閉遭池魚之殃，會友四散（大部份參加長老教會），牧者也被迫改行，因無羊可牧，在此蟄伏期間，忠於事主者，仍以祈禱托住渙散之會友信仰、靈命，把正式聚會改為家庭查經方式，維繫了會友之間之交通。
如今台灣重見光明，過去的統治者紛紛被遣散返日，除登記產權為日本人所有之教會，被日產處理委員會接收外，台灣人的教會也陸續復起開展工作。先是同年十月七日高進元牧師重整旗鼓，重新開始台南聖教會傳道工作。繼而十二月二十五日，以聖誕節為契機，王錦源牧師、孫士勸士也在西港揭揚了聖潔真理的旗幟。新竹聖教會也如睡醒的獅子般地振奮起來，聖工突飛猛進，聘請王錦源牧師前往牧會，聖工因之大大興旺。一九五○年，由高進元牧師發起，籲請同道，向台灣省政府提出了組織人民團體之申請書，於是組織教團之呼聲越來越高，一九五一年三月一日於台南聖教會召開發起人會議，由資深牧長組織籌備委員會並選舉王錦源牧師為主任委員，進行籌備事宜，繼而於四月二十五日召開第二次籌備會，議定於五月十日於新竹聖教會舉行成立大會，一九五一年六月十一日奉准組織人民團體並定名為「台灣省聖教會」，直至一九五四年才更改為「台灣聖教會」延用至今。
既有了組織，對於急劇增加之會所所需之傳道人員發生供需失調現象，於是王錦源牧師在新竹開辦「台灣聖經學院」，造就大量傳道人才，為台灣聖教會加添了一些生力軍。
組織-制度與組織
教會雖謂屬靈機構，但既以人為構成要素之一，必須有制度、組織、機構來加於規範，使之納入正規，在秩序與紀綱之約束下，運營一切事工。本會在組織上，於一九五一年初創時採用「理事制」，延用一般人民團體之理監事制度，
一九五四年由「理事制」改為「委員制」，將權力集中在三人委員身上，
一九五七年由「委員制」改為「會督制」，權力之焦點集中在會督身上，
一九六○年為分散浩繁之教會事工，徹底實行分層負責，把會督制改為「執行委員制」，
此一制度實施二十八年之久，歷時十屆，至一九八八年始採用現在之「總會制」。
本會在制度上雖然採用監督制，但廣大之民意卻未被忽略，「理事制」時有「信徒代表會」，為最高權力機構，「委員制」時代就將行政與立法分開，立法機構有「教團議會」，最高權力機構有「年會代表大會」。執行委員制時，「年會代表大會」仍然存在，直至一九七二年第十八屆年會代表大會時，咸認此一組織未免有疊床架屋，不具實質權力作用而廢除「年會代表大會」，祇剩「教會議會」獨挑制衡作用，制度是隨時代之需要而改變，就是一個最理想的制度也未盡完美。但「執行委員制」在二十八年中負起了教團行政調度和運營的原則，雖然此一制度已由總會取代，但正面之價值應被肯定。
一九八八年二月本會改為「總會制」，「總會制」權力機構放在總會大會，而總會委員會係決策單位，執行單位則有總幹事及各局、部實際推行會務。
本會組織制度之演變如下：
一、理監事制（一九五一年～一九五三年）
二、委員制（一九五四年～一九五六年）
三、會督制（一九五七年～一九六○年）
四、執行委員制（行憲前：一九六○年～一九六一年）
五、執行委員制（行憲後：一九六二年～一九八七年）
六、總會制（一九八八年至現在）